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锐意北伐永和五年（349），后赵主石虎病死。桓温自江陵出屯安陆（今湖北安陆），遣诸将经营北方，并上疏请求北伐。朝廷不加理睬。反而在这年七月，以征北大将闪电风暴小说50军褚裒为征讨大都督、督徐、兖、青、扬、豫五州诸军事，命其北伐后赵。桓温北伐之举遂搁置。此后，桓温又屡次上表要求北伐，但朝廷对其既有戒心，均未获准。永和七年十二月，桓温再次拜表辄行，率大军四、五万自江陵顺流而下，至武昌（今湖北鄂城）而止。朝廷上下惊恐不安。褚裒既败，晋廷又欲以殷浩北伐，故殷浩时为中军将军、假节、都督扬、豫、徐、兖、青五州诸军事，闻桓温陈兵而下，惊慌失措，欲去位以避之，经吏部尚书王彪之力劝乃止。这时，会稽王司马昱写信给桓温，极力劝阻，说北伐尚非其时，应先“思宁国而后图外”，所以以前未准桓温北伐。又说桓温行此“异常之举”，容易引起非议，希望桓温深思熟虑之。桓温还不敢公开对抗朝廷，见信后即刻率军还镇，并上疏解释说，此次率军东来，是要北伐扫灭赵、魏（冉魏），历年多次上疏要求北伐都是想为国家“静乱”，恢复中原，自己并无私心。朝廷以桓温为太尉，桓温固让不拜。
永和八年，殷浩自寿春率晋军北伐。但不久其督统、安西将军谢尚等在许昌（今河南许昌）大败于前秦将张遇，晋军死伤一万五千人，谢尚逃回，殷浩又退回寿春。第二年，殷浩率军七万再次北进，准备进据洛阳，修复晋廷园陵。但前锋羌人将领姚襄于中途倒戈，进击殷浩。殷浩军大败，将士损失万余人，殷浩尽弃辎重狼狈逃回，其北代又告失败。
桓温见殷浩兵败，立刻上疏弹劾，请朝廷废掉殷浩。于是殷浩被免为庶人，徙居信安。自此，朝廷内外大权渐归于桓温，朝中已没有人再能阻止桓温北伐。从永和十年至海西公太和四年（39），桓温连续进行了三次北伐。北伐前秦永和十年二月，桓温率步骑四万从江陵出发，使步军自淅川（今河南淅川均水）趋武关（今陕西丹凤东南）；水军从襄阳（今湖北襄樊市）入均口（今湖北均县西，古均水入汉水的水口）；又命梁州刺史司马勋出子午道（关中到汉中的通道），诸道并趋关中，进攻前秦。
桓温大军进展顺利，淅川一路步军攻上洛（今陕西商县），擒获前秦荆州刺史郭敬，接着攻克青泥城（今陕西蓝田）。前秦主苻健派太子苻苌、子苻生等率兵五万屯于峣柳（今陕西商县西北），阻挡桓温亲率的主力军西进《世说新语·政事篇》注引《温别传》。
2见《资治通鉴》卷九十九晋穆帝永和七年胡三省注。
以上引文见《资治通鉴》卷九十九晋穆帝永和七年。
长安（今陕西西安市西北）。四月，二军相遇，展开激战，前秦苻生骁勇异常，杀桓温将应诞、刘弘等多人，晋军死伤千余人。桓温督军力战，终于大破秦军。与此同时，桓温弟桓冲又大败前秦丞相苻雄于白鹿原（今陕西蓝田西灞、浐二水之间）。随后，桓温军转战而前，进军灞上（今陕西西安市东），长安指日可下。苻苌等秦军退守长安城南，苻健自领羸兵六千固守长安小城（内城），倾全部精兵三万，由大司马雷弱儿等率领，与苻苌合力抵抗桓温。晋军顺利入关，长安附近郡县纷纷来降。桓温抚喻百姓，使其安居复业。关中百姓牵牛担酒沿路迎接桓温，耆老见到晋军，惊喜万状，流着眼泪感叹“不图今日复见官军。”北伐形势非常之好，但桓温却顿军灞上，观望不进。隐居关中的王猛闻桓温入关，前来相见，与桓温谈当世之务，旁若无人。桓温见民间有此人才，大为惊异，问王猛说“吾奉天子之命，率锐师十万，杖义讨逆，为百姓除残贼，而三秦豪杰未有至者何也？”王猛说“公不远千里，深入寇境，长安咫尺而不渡灞水，百姓未见公心故也，所以不至”。桓然默然无以应。王猛意思是说桓温志在立威，以功名镇服江东，并非真心伐罪吊民，恢复晋土。这正说中桓温心事，故其无所答对。
桓温进军之初，本打算以秦地之麦为粮，但苻健“收麦清野以待之”，晋军军粮发生危机。不久，桓温大败于苻雄，死伤万余人。于是，徙关中百姓三千余户而归，退至潼关，又被迫军苻苌所败。九月，桓温回至襄阳。第一次北伐无功而返。
北伐姚襄永和十二年，晋廷拜桓温为征讨大都督、督司冀二州诸军事。桓温进行第二次北伐，目标是占据许昌的姚襄。
姚襄叛殷浩后，先屯于淮南，招掠流人，众至七万，同时遣使上疏晋廷罪状殷浩，后又听从其将佐的建议，自称大将军、大单于，带兵北还，占据许昌，围攻洛阳。当时占据洛阳的是降晋复反的魏前荆州刺史周成。姚襄进攻洛阳，逾月未能克。桓温乘机北伐。
六月，桓温军发自江陵，遣督护高武据鲁阳（今河南鲁山县），辅国将军戴施屯于河上，率舟师从黄河进逼许、洛，自己亲率大军随后进发，又上疏晋廷，请徐、豫二州出兵从淮、泗入黄河配合作战。八月，晋军进至伊水（在洛阳城南）。姚襄撤洛阳之围，将精锐埋伏于水北林中，拒水而战。桓温亲自被甲督战，命晋军结阵而进。二军接战，桓温之弟桓冲及诸将奋勇向前，大败姚襄。姚襄军大乱，自相杀死者达千余，姚襄逃奔平阳。桓温既败姚襄，周成率众出降，桓温进入洛阳，谒晋诸帝陵寝，有毁坏者皆令人修复之，并置陵令看守。表镇西将军谢尚都督司州诸军事，镇洛阳。因谢尚未至，留颍川太守毛穆之、督护陈午、河南太守戴施等以三千人镇守洛阳。又徙归顺的百姓三千余家于江、汉之间。自率大军还师。
桓温既掌内外大权，其诸弟皆身居要职，桓氏势力一时甚盛。其二弟桓云任江州刺史、加都督司豫二州军事、领镇蛮护军、西阳太守、假节。桓云在职，“招集众力，志在足兵，多所枉滥，众皆嗟怨。时温执权，有司不敢《晋书》卷一一四《王猛传》。
弹劾”。其三弟桓豁任建威将军、督沔中七郡军事、新野义成二郡太守，后又因功进位右将军。其四弟桓秘，虽素与桓温不睦，但也任职辅国将军、宣城内史，并一度监梁益二州征讨军事、假节，后官至中领军。其五弟桓冲数从桓温征伐有功，多次升迁，先后镇守襄阳、江陵等要冲，升平四年（30）桓云死，接任江州刺史、领镇蛮护军、西阳谯二郡太守，振威将军。此外，其子侄也多有任要职者。升平四年，晋廷加封桓温为南郡公，桓冲为丰城县公，桓温之次子桓济为临贺郡公。
北伐姚襄之前，桓温曾多次上疏，请求还都洛阳，朝廷不许。收复洛阳后，桓温于哀帝隆和元年（32）再次上疏，请迁都洛阳，并请将永嘉之乱后流亡至江南者，全部北徙，以充实河南之地。晋廷君臣但求自保江南，无意恢复失地，皆不同意迁都，但惧于桓温权势，无人敢言。扬州刺史王述认为桓温“欲以虚声威朝廷耳，非事实也，但从之，自无所至”。于是朝廷诏答桓温说，“诸所处分，委之高算”，有关迁都事宜请桓温筹划办理。后迁都之事果然作罢。朝廷改授桓温都督并、司、冀州，罢交、广二州都督，桓温表辞不受。
哀帝兴宁元年（33）五月，桓温加侍中、大司马、都督中外诸军事、假黄钺。东晋内外军政大权集于桓温一身。桓温乃上疏陈便宜七事“其一，朋党雷同，和议悠悠，宜抑杜浮竞，莫使能植。其二，户口凋寡，不当汉之一郡，宜并官省职，令久于其事。其三，机务不可停废，常行文案宜为限日。其四，宜明长幼之体，奖忠公之吏。其五，褒贬赏罚，宜允其实。其六，宜述遵前典，敦明学业。其七，宜选建史官，以成《晋书》”有司皆奏行之。从桓温所陈七事看，大部分是针对当时朝廷上的问题而发，如果真能照此实行，对于东晋的弊政当能有所改革。
兴宁二年，桓温当政时期，东晋实行了“庚戌土断”。由于桓温法令严明，这是东晋最有成果的一次土断。
东晋过江以来，对于北来的流民采取优待政策，“以其旧壤之名，侨立郡县，往往散居，无有土著”2。这些“无有土著”之人不入于国家的正常编户，因此也不负担国家的赋役。从成帝咸和年间，东晋政府为了增加劳动人手和赋役来源，也为了防止国家的正常编户冒充北方流民逃避赋役，开始实行土断。在“庚戌土断”之前，先后实行过二次土断。兴宁二年三月初一庚戌这天，朝廷颁布法令，“大阅户人，严法禁，谓之庚戌制”3。桓温当政，执法雷厉风行，彭城王司马玄“违禁藏匿民五户，桓温表玄犯禁，收付廷尉”，由于桓温一反东晋过去优容世族贵戚的作法，执法有力，这次土断取得很大成果，大批人口成为国家的编户，流民减少，时会稽一郡即“亡户归口三万余口”2。后来刘裕当政时评论此次土断说“大司马桓温，以民无定本，伤治为深，庚戌土断，以一其业，于时财阜国丰，实由于此”3。桓温当政期《晋书》卷七四《桓云传》。
《晋书》卷七五《王述传》。
2《隋书·食货志》。
3《晋书》卷八《哀帝纪》。
《晋书》卷三七《彭城穆王权传》。
2《晋书》卷七六《王彪之传》。
3《宋书》卷二《武帝纪中》。
间，较之东晋其他时期，在政治上似乎稍有振作。
北伐前燕，兵败枋头兴宁二年三月，前燕将李洪侵许昌，大败晋军于悬瓠（今河南汝南县）。桓温使西中郎将袁真、江夏相刘岵通水运，自己率舟师进至合肥，准备北伐。五月，晋廷又以桓温为扬州牧、录尚书事，遣侍中颜旄宣旨，召桓温入朝参政。桓温以中原尚未恢复为由推托。朝廷不许，再次征桓温入朝。桓温军至赭圻（时属宣城郡，今安徽宣城附近），晋廷又诏尚书车灌止之，桓温遂城赭圻而居之，辞录尚书事不受，遥领扬州牧。当年，桓温移镇姑孰，转以其弟桓豁监荆、扬、雍州军事、领护南蛮校尉、荆州刺史、假节，右将军号如故，镇守荆州。其时桓温权倾天下，威势镇主，既镇姑孰，遥控朝政，四方州牧皆遣上佐纲纪致敬4。不久，哀帝死，桓温北伐之举暂时搁置。
海西公太和三年（38），晋廷加桓温殊礼，位在诸侯王之上。
太和四年，桓温在土断之后“财阜国丰”的基础上，第三次出兵北伐，这次的进攻目标是前燕。
这年三月，桓温请与徐、兖二州刺史郗愔、江州刺史桓冲、豫州刺史袁真等讨伐前燕。时郗愔所领徐州，其民多劲悍，为精兵所聚之地。桓温常说“京口（徐州治所，今江苏镇江市）酒可饮、兵可用”，很不愿意让郗愔居于京口。这时，郗愔听从其子郗超之计，写信给桓温，自称老病，不堪军旅，请桓温统率自己所领之兵，并乞闲职自养。桓温见信大喜，即刻转郗愔为会稽太守，自己并郗愔之兵，又自领平北将军、徐兖二州刺史，实力大增。四月，桓温率桓冲、袁真等步骑五万从姑孰出发北伐。朝中百官皆来送行，“都邑尽倾”。大军行经金城（东晋侨置琅玡郡治，在今江苏句容县北），见己昔为琅玡太守时所植柳树皆已长大，感慨万分，说“木犹如此，人何以堪！”攀枝执条，泣然流涕。大军继续北进，过淮、泗，踏上北土。桓温与将佐僚属登上楼船眺望中原，慨然说“遂使神州陆沉，百年丘墟，王夷甫（王衍）诸人不得不任其责！”2时正大旱，水道不通，参军郗超劝阻桓温说“道远，汴水又浅，恐漕运难通”3。桓温不从。六月，桓温大军进至金乡（今山东金乡），桓温命冠军将军毛虎生凿巨野（巨野泽，在今山东巨野北）三百里，引汶水（今大汶水）会于清水（古济水自巨野泽以下又称清水）。这条航道后称“桓公渎”。于是桓温率大军乘船自清水进入黄河，舳舻连绵数百里。这时，郗超又建议说“清水入河，难以通运。若寇不战，运道又绝，因敌为资，复无所得，此危道也。不若尽举见众直趋邺城，彼畏公威名，必望风逃溃，北归辽、碣。若能出战，则事可立决。若欲城邺而守之，则当4《晋书》卷七六《王彪之传》。
《晋书》卷六七《郗鉴传附郗超传》。
2《晋书·桓温传》记金城泣柳及北眺中原之事皆在穆帝永和十二年，《资治通鉴》不载金城泣柳事，但亦将北眺中原之事记于永和十二年，皆误。刘盼遂、程炎震先生考辨此事当为海西公太和四年伐前燕时事，其说甚是。见余嘉锡先生《世说新语笺疏》（中华书局版）第5页《言语篇》刘盼遂曰及第834页《轻诋篇》程炎震云。
3《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
见《水经·济水注》。
此盛夏，难为功力，百姓布野，尽为官有，易水以南必交臂请命矣欲务持重，则莫若顿兵河济，控引漕运，俟资储充备，至来夏乃进兵；虽如赊迟，然期于成功而已”2。但桓温又未采纳，既不肯直趋邺城，决胜负于一役，又不肯顿兵河、济，以待来年。于是桓温使建威将军檀玄攻湖陆（在今山东西南部）。檀玄很快攻下湖陆，擒获燕之宁东将军慕容忠。前燕主慕容以下邳王慕容厉为征讨大都督，率步骑二万于黄墟（今河南民权北）迎战晋军，结果大败于晋军，慕容厉单骑逃回。接着，桓温前锋邓遐、朱序又大破燕将傅颜于林渚（今河南郑州市东北）。七月，桓温大军进至枋头（今河南浚县）。晋军顺利进军，燕主慕容君臣惶恐不安，准备逃往和龙（今辽宁朝阳市）。这时，前燕名臣慕容垂劝阻说“不然，臣请击之，若战不捷，走未晚也。”3于是慕容以慕容垂为使持节、南讨大都督，率众五万抵御晋军，又使其散骑侍郎乐嵩去向前秦求救。
桓温进军之初，曾使袁真进攻谯、梁之地，并开石门（即汴口，在今河南荥阳境）引黄河水入汴渠（今河南荥阳西南之索河），沟通淮、泗水以通水运。袁真虽然平定谯、梁之地，但石门却没能打开，这时，桓公渎因为干旱水位下降，已不能通运。而慕容垂又派燕范阳王慕容德，兰台侍御史刘当率骑兵一万五千驻屯石门，桓温水军的退路及粮食供应都成了问题。
桓温进至枋头，离燕都邺城只有二百里路，但他顿兵枋头，不敢直趋邺城。这时，晋军的形势已很不妙，水运不通，粮草不继，退军已经是必然的了。此后，桓温几次与燕军交战都未取胜，又听说前秦军将至，乃命令烧掉船只，弃掉辎重从陆路退军。晋军为怕燕军在上流放毒，一路上凿井而饮。晋军既退，前燕诸将皆欲追之，慕容垂说“不可，温初退惶恐，必严设警备，简精锐为后拒，击之未必得志，不如缓之。彼幸吾未至，必昼夜疾趋，俟其士众力尽气衰，然后击之，无不克矣。”于是慕容垂亲率骑兵八千跟踪于后，又使慕容德率精骑四千埋伏于襄邑（今河南睢县西）东涧中。桓温见燕军未来追赶，果然放心，命令晋军兼程而进。慕容垂命令部下急速追赶，在襄邑追上晋军。慕容垂与慕容德前后夹击，大败桓温，晋军被杀者达三万人之多。此后，前秦救兵苟池又于路邀击桓温，晋军又死伤万余人。十月，桓温收拾散卒，驻军于山阳（今山东金乡县西北）。桓温的第三次北伐遂以惨败告终。
桓温三次北伐，除第二次有些成果外，皆无功而返，而第三次更以惨败告终。这有主客观二方面的原因。
从桓温主观上来说，其北伐不是真正想收复中原，而是志在立威，欲以功名镇江东，伺机取晋室而代之。因此，桓温在作战中务求持重，在大好形势下常常观望不进，贻误战机。另外，桓温确实很熟悉兵法，也善于用兵。比如他伐蜀途中，曾于鱼腹（今四川奉节东）平沙上见诸葛亮用石垒就的八阵图，其“垒石为八行，行相去二丈”，其军中文武皆不识此阵，但桓温一见就说“此常山蛇势也，”可见他对兵法阵势是很精通的。又如他入关伐秦，镇守陇西的前凉将王擢赶紧“驰使于（张）祚，言温善用兵，势在难测”2《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
3《晋书》卷一一一《慕容载记》。
《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
，引起前凉一阵恐慌。但桓温还不是一个出类拨萃的军事家，用兵贵在多谋善断，相机而动。桓温于此却略逊一筹，他多次在大好形势下观望不进，虽与他志在立威，无意真正北伐有关，但也反映出他用兵不善于捕捉战机，缺乏灵活性。所以前燕申胤说他“骄而恃众，怯于应变”2。又如他在第三次北伐撤军时，谋略上也输了慕容垂一筹。
从客观上来说，东晋君臣无意恢复失地，志在割江自保，又桓温权势日增，朝廷对其深怀戒心，因此其北伐得不到真正的。当桓温大军进展顺利之时，申胤就曾预料说“以温今日声势，似能有为，然在吾观之，必无成功。何则？晋室衰微，温专制其国，晋之朝臣未必皆与之同心。故温之得志，众所不愿也，必将乖阻以败其事。”3这是正确的分析。
尽管如此，桓温的三次北伐还是有一定的积极意义。它了北方各族人民反抗剥削压迫的斗争，打击了少数族统治者的残暴统治，这是符合当时中原人民愿望的。
桓温既遭惨败，深以为耻，回至山阳，乃归罪于袁真，奏免袁真为庶人。袁真上表辩冤，并奏桓温罪状，朝廷不加理睬。袁真遂据寿春（今安徽寿县西南）投降前燕。桓温使毛虎生领淮北太守，镇戍历阳（今安徽和县），防备袁真。然后桓温发徐、兖二州百姓修筑广陵城，徙镇广陵（今江苏扬州市）。太和五年，袁真病死，其将朱辅立其子袁瑾继任其职。八月，桓温率兵二万从广陵出发，进攻袁瑾，袁瑾固守寿春，桓温遂围而攻之。太和六年正月，桓温军攻下寿春，生擒袁瑾、朱辅。寿春又入晋手。
废立专权，野心未遂桓温北伐本意是欲先立功河朔，然后还受九锡，渐窃朝柄。既有枋头之败，威望顿减。参军郗超乃劝桓温说“明公既居重任，天下之责将归于公矣。若不能行废立之事，为伊、霍之举者，不足镇压四海，震服宇内，岂可不深思哉！”桓温素有野心，他曾卧对亲信说“为尔寂寂，将为文、景所笑”，接着又抚枕而起说“既不能流芳百世，不足复遗臭万载邪！”其部下见桓温出此不臣之言，莫敢答对。又桓温对于叛逆王敦甚为倾慕，经过王敦墓，连声说“可人，可人”，称赞王敦能行非常之举。这时与郗超一拍即合，遂定废立之事。
由于海西公司马奕（3—37在位）平素谨慎，没有过错，桓温与郗超商量，乃诬海西公有痿疾，是太监之身，并说海西公使嬖人相龙、计好、朱灵宝等与美人私通，生下二子，将要冒充皇子建储为王，改变皇家血统，倾移皇基。太和六年十一月，桓温率军从广陵返回姑孰，半路止军于白石（今安徽当涂西），带兵入朝，威逼褚太后废海西公帝位，立会稽王司马昱为帝，并草拟好诏令呈之于太后。褚太后在逼迫之下，只得同意。桓温集百官于朝堂，依《汉书·霍光传》所记废立故事，宣太后令，废海西公，立司马昱为帝，桓温命督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收海西公皇帝玺绶，又亲率百官至会稽《晋书》卷八六《张祚传》。
2《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
3《资治通鉴》卷一○二晋海西公太和四年。
见《世说新语笺疏》（中华书局版）第47页《赏誉篇》嘉锡案。
王邸。迎司马昱入朝。于是司马昱即帝位，改年号为咸安，司马昱是为简文帝。简文帝诏桓温依诸葛亮故事，甲仗百人入殿。赐钱五千万，绢二万匹，布十万匹。
桓温废掉海西公后，对朝中的异己力量大加废徙。太宰武陵王司马晞好习武事，为桓温所忌，殷浩之子殷涓、广州刺史庾蕴素与桓温有隙，又庾、殷二姓势力很强，亦为桓温所忌，桓温皆欲除之。乃使其弟桓秘逼迫新蔡王司马晃自首，称与司马晞、殷涓、庾蕴之弟庾倩、庾柔等谋反，然后将他们全部收付廷尉。又使御史中丞谯王司马恬上疏，请依律处死司马晞，简文帝不许。桓温又亲自上表请杀司马晞，言辞激烈。简文帝手诏答桓温说“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”桓温这才作罢，改请废司马晞及其二子，其家属皆徙于新安郡。不久，殷涓、庾倩、庾柔等都遭族诛，唯庾蕴因其侄媳乃桓豁之女，桓温使其饮酖自尽。桓温既诛庾、殷之族，“威势翕赫，侍中谢安见而遥拜。”简文帝下诏进桓温为丞相，桓温辞让不受，带兵返回白石，还镇姑孰。
前秦主苻坚闻知桓温行废立之事，很不以为然，说“温前败灞上，后败枋头，十五年间，再倾国师。六十岁公举动如此，不能思愆免退，以谢百姓，方废君以自悦，将如四海何！”2简文帝虽身为帝王，但摄于桓温权势，常惧被废，“拱默守道而已”。曾对郗超咏庾阐诗曰“志士痛朝危，忠臣哀主辱”2，在位不到二年，便忧愤而死。
咸安二年（373），简文帝病重，急召桓温，一昼夜四诏，桓温不至。几天后，简文帝病死。群臣惧于桓温，不敢拥立太子，有人认为应该请桓温来朝后再说，尚书仆射王彪之说“天子代立，大司马（桓温）何容得异！若先面谘，必反为所责。”3于是群臣才敢立太子司马曜即帝位，司马曜是为孝武帝。简文帝临死，遗诏使太子家国事一禀之于桓温，如诸葛亮、王导故事。桓温本以为简文帝临死将禅位于己，不然便会使己如周公行居摄之事。见简文帝遗诏，很不高兴，给其弟桓冲写信说“遗诏使吾依武侯、王公故事耳。”桓温未能遂愿，疑心是侍中王坦之、吏部尚书谢安从中作梗，心中愤愤不平。孝武帝宁康元年（372）二月，桓温带兵入朝，朝中人心惶惶，传言桓温将要杀掉王坦之、谢安，取代晋室称帝。孝武帝诏令王、谢率百官至新亭（今南京市西）迎接桓温。王坦之恐惧不安，谢安说“晋祚存亡，决于此行”。4桓温至新亭，百官拜伏于道，桓温大阵兵卫，和百官相见。于时气氛十分紧张，朝中位望稍高者皆惊慌失措，王坦之汗流遍体，错将手版倒拿。但谢安神色不变，就座与桓温谈笑自若，答对得体，气氛渐渐缓和，二人交谈多时，竟尽欢而散。
桓温入朝，因当时发生的卢悚入宫事，将尚书陆始收付廷尉，连座者甚众。三月，桓温染病，于是回姑孰养病，在建康只呆了十四天。
《晋书》卷九《简文帝纪》。
2《晋书》卷一一三《苻坚载记》。
《晋书》卷九《简文帝纪》。
2《晋书》卷九《简文帝纪》。
3《晋书》卷七六《王彪之传》。
4《晋书》卷七九《谢安传》。
桓温回至姑孰，病渐沉重，但其野心未已，逼迫朝廷加其九锡，屡屡使人催促。谢、王等人闻知其病重，故意拖延，时桓温使其记室袁宏撰九锡文，谢安屡次修改，多日不成。宁康元年七月，桓温病重身死，年六十二岁。终于没能实现他先加九锡，再渐移晋室的野心。
第十一章桓玄、孙恩、卢循第一节桓玄优游江陵桓玄（39—404）字敬道，一名灵宝，东晋大司马桓温少子，深受桓温钟爱。桓温临终，命为继嗣，袭爵南郡公，时年五岁。
桓玄七岁时，守丧三年期满，原桓温属下的文武佐吏都来向桓玄叔父，荆州刺史桓冲告别，桓冲抚摸着桓玄的头告诉他“这些人都是你家的故吏！”玄应声痛哭，哀动左右，众人无不惊异。数年之后，桓玄长成了一表人才，容貌不凡，风神疏朗，博综艺术，又善作文。他自恃门第高贵，才华出众，常常以英雄豪杰自居，令人望而生畏，朝廷也有所疑虑而不加擢用。
直到二十三岁，桓玄才被拜为太子洗马。时人纷纷议论桓温晚年有不臣之迹，桓玄兄弟因此遭到排抑。朝廷只让他们作些无权的闲散官。有一次，桓玄去拜见琅邪王司马道子，正值饮宴，宾客满座。司马道子突然睁着两只醉醺醺的大眼对众人说“桓温晚年想造反，是不是？”桓玄吓得汗流浃背，拜伏在地，不敢起身。琅邪王骠骑长史谢重举起手板回答说“已故宣武公（桓温）废昏立明，功过伊尹、霍光，人们的种种议论，应当有所识别。”道子点头，桓玄这才爬了起来。从此，桓玄的心中更加惴惴不安，对司马道子恨得咬牙切齿。
后来，桓玄出补义兴太守，郁郁不得志，曾登高眺望震泽，愤懑叹息说“父为九州伯，儿为五湖长！”便弃官回到了自己的封国。桓玄向来不甘屈居人下，他为自己出身元勋之门却负谤于世而愤愤不平，乃上书晋孝武帝。疏中说先臣蒙国殊遇，姻娅皇极，常欲以身报德，投袂乘机，西平巴蜀，北清伊洛，使窃号之寇系颈北阙，园陵修复，大耻载雪，饮马灞浐，悬旌赵魏，勤王之师，功非一捷先臣勤王艰难之劳，匡复克平之勋，朝廷若其遗之，臣亦不复计也。至于先帝龙飞九五，陛下之所以继明南面，请问谈者，谁之由邪？谁之德邪？岂惟晋室永安，祖宗血食，于陛下一门，实奇功也。
自顷权门日盛，丑政实繁，咸称述时旨，互相扇附，以臣之兄弟皆晋之罪人，臣等复何理可以苟存圣世？何颜可以尸飨封禄！若陛下忘先臣大造之功，信贝锦萋菲之说，臣等自当奉还三封，受戮市朝，然后下从先臣，归先帝于玄宫耳。若陛下述遵先旨，追录旧勋，窃望少垂恺悌覆盖之恩。
奏书送到朝廷，犹如石沉大海。
桓玄闲居江陵，优游无事。荆州是桓氏发迹之地，桓温、桓豁、桓冲等兄弟子侄先后任荆州刺史数十年，故吏宾客遍布荆楚各地，根深叶茂，人多势众。桓玄甚为骄横，江陵士民怕他比怕荆州刺史殷仲堪还厉害。而殷仲堪是一个玄学名士，资望不深，对桓玄也甚为敬畏。有一回，桓玄到刺史厅前跑马，手持马矟在殷仲堪面前比比划划，摆出一副要刺杀的架势。殷中堪的中兵参军刘迈看不下去，讥刺说“你的马矟之技有余，只是精通义理则不足。”桓玄满脸不高兴，殷仲堪见势不妙，大惊失色。桓玄离去，殷仲堪指本节材料主要依据《晋书·桓玄传》，下引此传者，不另注。
责刘迈说“卿是狂人！桓玄晚上派人刺杀你，我岂能相救？”他让刘迈回建康躲避。桓玄果然派人来追杀，刘迈勉强逃脱。征虏将军胡藩路经江陵，对殷仲堪说“桓玄志趣不同于常人，一副怏怏不得志之态，将军过份优崇他，恐怕于将来不利。”殷仲堪听了很不高兴。
吞并殷、杨太元二十一年（39）九月，晋孝武帝醉卧内殿，被张贵人杀死，太子司马德宗即位，是为安帝。安帝不辨寒暑饥饱，是个著名的白痴皇帝。太傅、琅邪王司马道子专制朝政。司马道子嗜酒如命，一天到晚喝得昏头昏脑，不问政事，尚书左仆射王国宝与从弟王绪专权用事，威震内外。当时，青、兖二州刺史王恭，荆州刺史殷仲堪士马强盛，王国宝、王绪劝司马道子削弱方镇兵权，加强中央实力。消息传出，内外骚动。桓玄备受朝廷排抑，早已心怀不满，见有机可乘，乃游说殷仲堪，挑唆说“王国宝一向与诸君作对，唯恐不能早点对你们动手。现今既掌大权，与王绪互为表里，他们想撤谁换谁，无不如意。孝伯（王恭字孝伯）贵为皇上太舅，为朝野所重，他们一时不敢轻动，唯有先拿你开刀。你是先帝提拔的，破格居方面重任，但人们未必认为合适，都说你虽有思想意趣，却不是作方伯的人选。倘若朝廷下诏征你作中书令，用殷f为荆州刺史，你该怎么办？”殷仲堪回答说“这件事我担心很久了，不知足下有何高见？”桓玄又说“王国宝奸诈凶狠，天下所知；王孝伯疾恶如仇，有过人之处。你赶紧秘密派人游说王恭起兵，以匡正朝廷，对他说你将率全荆士众顺流而下，推举他为盟主。我等亦当奋起追随，如此天下莫不响应。此事若能实现，乃是齐桓公、晋文公那样的勋业啊！”殷仲堪仍犹豫不决。不几天，王恭派使者送信到江陵，邀殷仲堪与桓玄共同匡正朝廷，殷仲堪表示应允。
安帝隆安元年（397）四月，王恭以诛王国宝为名，起兵京口。司马道子惊慌失措，杀王国宝、王绪以释众怒，王恭遂罢兵回到京口。殷仲堪直到得知朝廷诛王国宝后才派兵进据巴陵，旋亦退兵。事后，桓玄趁机提出要作广州刺史。司马道子惧怕桓玄，又不愿让他久居荆楚，便任命他为假节、建威将军、平越中郎将、督交广二州诸军事，兼广州刺史。桓玄受命，但并不赴任，仍然留居江陵，以等待时机。
第二年，王恭联合豫州刺史庾楷，以讨伐江州刺史王愉及谯王司马尚之兄弟为名，再次起兵京口。桓玄、殷仲堪一齐响应，共推王恭为盟主。司马道子不知所措，慌忙把军权交给十六岁的儿子司马元显，自己只顾酗酒。殷仲堪拨出五千军马交给桓玄，命南郡相杨佺期与桓玄同为先锋，自己率兵二万殿后，挥兵沿江东下，直达湓口。王愉毫无戒备，仓惶逃奔临川，为桓玄偏将所擒。桓、杨乘胜直驱建康，桓玄大败台军于白石，又与杨佺期进军横江。这时，北府兵名将刘牢之被司马元显所收买，刘牢之倒戈，王恭兵败被杀；庾楷也兵败，投奔桓玄。刘牢之率北府兵抵御荆州军，桓玄、杨佺期只得回军蔡洲。为了分化荆州军，司马道子采纳桓冲之子桓脩的建议，任命桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，桓脩为荆州刺史，而贬黜殷仲堪为广州刺史。殷仲堪一听诏命，大为恼怒，催促桓玄、杨佺期进兵。桓玄、杨佺期得到好处，不想出兵。殷仲堪一气之下遽然回军荆州，遣使告谕蔡洲兵众说“你们如不各自散归，我到江陵便杀尽你们的家人。”于是，杨佺期部将刘系立即带领二千人西上，桓玄等大惧，都赶快撤退，至寻阳才赶上殷仲堪。桓玄由于兵力有限，羽毛未丰，需要殷仲堪相助；殷仲堪丢掉了荆州刺史，也需依仗桓玄的声望。三人便在寻阳重新结盟，桓玄被推为盟主，大家共同约定，不接受朝廷诏命；又联名上书朝廷，为王恭伸冤，要求处死司马尚之，刘牢之等人。司马道子被迫让步，宣布恢复殷仲堪的荆州刺史。这次起兵，桓玄取得江州，得到最大的实惠。他被推为盟主后，更加骄矜，每以寒士裁抑杨佺期。而杨佺期为人骄悍，自以为出自北方高门弘农杨氏，最恨别人瞧不起，在盟誓坛上就想发难袭击桓玄，但被殷仲堪制止了。桓玄觉察到杨佺期有异谋，暗中有了吞并他的打算。
不久，殷仲堪等人的矛盾渐渐激化起来。殷仲堪担心桓玄跋扈，遂与杨佺期结为婚姻，相互支援；桓玄敌不过殷、杨二人，害怕被击灭，于是上书朝廷，要求扩大都督区，壮大实力。司马道子、司马元显也想借机挑起矛盾，让他们互相残杀，以达到坐收渔翁之利的目的，遂下令分杨佺期所督长沙、衡阳、湘东、零陵四郡归桓玄管辖，又以玄兄桓伟取代杨佺期之兄杨广为南蛮校尉。杨佺期受到损害，火冒三丈，即刻调集人马，声称援救洛阳，暗中想联合殷仲堪共击桓玄。殷仲堪顾虑重重，既畏惧杨佺期兄弟骁勇，难以对付；又担心桓玄一旦被击灭，杨氏兄弟得势，自己反而受害，故极力予以阻止。杨佺期孤掌难鸣，只好忍气吞声，偃旗息鼓。
隆安三年（399），荆州发大水，平地水深三尺，殷仲堪赈恤饥民，仓库空竭。桓玄早想火并殷、杨，见时机已到，率军乘机西上。首先袭取了屯积粮草的巴陵，继而进兵杨口，败殷仲堪之侄殷道护，随后占领距江陵二十里的零口。殷仲堪见大势不妙，急召杨佺期相救，终因粮草奇缺而惨败，双双为桓玄所杀。
隆安四年（400）三月，桓玄一举夺得荆、雍二州，随即上表朝廷，求领荆、江二州刺史，朝廷授以都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州，后将军，荆州刺史，假节，以桓脩为江州刺史。桓玄不满意，上疏坚持领江州，朝廷不得已，加桓玄都督江州及扬豫八郡，并领江州刺史。桓玄得寸进尺，又提出以兄伟为冠军将军，雍州刺史，以侄子桓振为淮南太守，朝廷都不敢不从。这时，浙东一带的农民起义正风起云涌，势不可挡，朝廷忙于派兵镇压，无暇西顾。司马元显代父执掌朝政后，继续用佞臣，树亲党，聚敛无度，朝纲紊乱。加之桓氏子弟布列朝野，势力强大，故桓玄的种种非分之求，朝廷都有求必应。
桓玄独霸荆楚，兵强马壮，乃广树腹心，安插亲信。以兄伟为江州刺史，镇夏口；以司马刁畅为辅国将军，督八郡，镇襄阳；派遣桓振、皇甫敷、冯该戍湓口，控扼寻阳。迁沮、漳蛮人两千户于江南，设立武宁郡；招集流民，立绥安郡。又在各郡置郡丞。朝廷下诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之入朝，都被桓玄擅留不遣。桓玄踌躇满志，自以为东晋天下三分有其二，而司马氏气数已尽，故多次指使人替自己上祯祥、献符瑞。
篡晋称帝隆安五年（40）末，桓玄写信指斥执政说“今日朝廷显贵心腹，谁是时流清望？岂能说没有佳胜者，只是不能信任罢了。因为住昔朝政的失误，才酿成今日之祸患。朝廷上的君子，怎能没有看法，但因有身家性命之虑，故不敢说话。我忝任在外，所以能揭露事实。”司马元显读后大为恐慌，准备征讨桓玄。桓玄部下、武昌太守庾楷则担心桓玄结怨朝廷，一旦失败而祸及自己，暗中派人与司马元显联系，答应作为内应，司马元显大喜。桓玄派人切断长江航运，致使建康漕运不佳，公私匮乏，官军士兵不得不以谷皮、橡子充饥，给司马元显造成严重困难。
元兴元年（402）一月，司马元显以镇北将军刘牢之为前锋都督，以前将军谯王司马尚之为后部，称诏举兵伐玄。官军将要出发，桓玄堂兄桓石生时为太傅长史，及时送来了紧急秘密报告。桓玄原以为扬州一带闹饥荒，农民起义尚未剿灭，朝廷顾不上讨伐自己，正可待机积蓄力量，观衅而动。及接到桓石生的报告，得知司马元显兴师问罪，心中不免恐惧起来，打算固守江陵。长史卞范之献计说“公威名远扬，谋略震动天下，司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心，如果兵临京畿，恩威并施，则土崩瓦解之势可翘足而待，哪有延敌入境而自己削弱自己的道理？”桓玄闻言大悦，当即留下桓伟守江陵，上表朝廷，率师沿江东下。兵抵寻阳，发布檄文，列举司马元显的种种罪行。檄文传到京都，司马元显吓得不敢下令开船。桓玄兴师甚失人心，自觉以下犯上，惟恐将士不为所用，常怀返旆之计。及至兵过寻阳，不见台军踪影，不禁大喜过望，将士们也个个精神振奋，沿路如入无人之境。兵抵姑孰，击败谯王司马尚之，襄城太守司马休之弃城而逃。当时，刘牢之兵屯冽洲，桓玄遣使劝降，刘牢之即敛手归降。桓玄挥兵直驱建康城外的新亭，司马元显不战自溃，弃船逃回京城，与其父司马道子在相府相对而泣，终被桓玄所擒。
桓玄攻入建康后，矫诏自命为总百揆，加侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史；又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人等，署置丞相府的大小僚属。奏请杀司马元显、谯王司马尚之、尚之之弟恢之、允之及庾楷父子等人；流放司马道子到安成郡，未发而毒杀之；解除刘牢之的兵权，用为会稽内史。继而布置亲信占据要津，任命桓伟为安西将军、荆州刺史，领南蛮校尉；堂兄桓谦为左仆射、加中军将军，典掌选举；桓脩为右将军、徐兖二州刺史；桓石生为前将军、江州刺史；心腹卞范之为丹阳尹，王谧为中书令、领军将军。改年号为大亨。不久又辞去丞相，自署太尉，领平西将军、豫州刺史，并给自己加以剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的殊礼。同年四月，桓玄出镇姑孰，姑孰当长江重要渡口，既是豫州治所，又是建康的西南门户，战略地位十分重要。镇姑孰既可以控制朝廷，又可以掌握军事上的主动权，可谓一举两得。桓玄虽出居外镇，但朝中大事都要向他请示报告，小事则由桓谦、卞范之处理。
桓玄当权之初，还能有所作为，政治颇有起色。他大力整肃朝纲，黜凡庸之辈，远奸佞之臣，选用贤才，时局有所好转，京城内一时欢欣鼓舞。为了革除岭南贪污奢糜的弊政，他选派良吏吴隐之出任广州刺史。吴隐之以身作则，廉洁奉公，短期内使岭南风气为之一变。为此，他大加赞赏，称道吴隐之“处可欲之地，而能不改其操”，“革奢务啬，南域改观”，提拔吴隐之为前将军，赐钱五十万，谷千斛。他曾试图革除豪强兼并，强弱相凌，百姓流离的劣政，但因阻力重重，加之政令繁密而无法实行。针对晋末佛教开始盛行、伤政害民的弊端，桓玄还提出沙汰僧尼，打击寺院经济的主张，并《晋书》卷90《良吏吴隐之传》。
亲自下达了淘汰僧尼的命令，命令中说佛所责无为，殷勤在于绝欲。而比者陵迟，遂失斯道。京师竞其奢淫，荣观纷于朝市。天府以之倾匮，名器为之秽黩。避役踵于百里，逋逃盈于寺庙，乃至一县数千，猥成屯落。邑聚游食之群，境积不羁之众，其所以伤治害政，尘宰佛教，固已彼此俱敝，实污风轨矣！2他规定，除了那些精通佛理、恪守戒律的佛教徒外，其他僧尼一律淘汰，还俗为民，“严为之制，速申下之”3。
然而这一切不过是昙花一现，奢豪之态不久复萌，政令无常，朋党互起。这时三吴发生大饥馑，饿殍遍地，户口减半，会稽郡人口只剩三、四成，临海、永嘉郡死亡殆尽，殷实人家也竟身穿罗纨，怀抱金玉，闭门相守而饿死。在这种情况下，他加紧篡权的步伐，首先大杀北府旧将以绝后患。吴兴太守高素、将军竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季式、冠军将军孙无终等人皆无幸免。刘轨、刘敬宣、高雅之、袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等被迫北逃，分别投奔南燕和后秦。接着，他让朝廷以平元显之功，封自己为豫章公，又以平殷仲堪、杨佺期之功，封桂阳郡公，然后改赐子侄。又让发诏避其父桓温讳，有姓名同者一律更改，赠其父马氏豫章公太夫人。
元兴二年（403）二月，桓玄为提高威望，上表请率领诸军扫平河、洛，然后指使朝廷下诏制止，便称“奉诏故止”。九月，使朝廷拜自己为楚王，封十郡，加相国，总百揆，备九锡，楚国置丞相以下官属。为制造舆论，他上表请求返回藩镇，然后自作诏挽留，再上表固请，逼天子出手诏坚留。他还暗中指使人献祯祥，呈符瑞，诡称钱塘江边的临平湖多年淤塞，现已湖开水清。又称江州百姓王成基家的竹子上降有甘露，命百官大加庆贺。历代都有隐士，偏偏此时没有，桓玄觉得不光彩，赶紧派人找来了西晋著名隐士皇甫谧的六世孙皇甫希之，先让希之隐居山林，提供各种费用，再征为著作郎，然后又指使希之故意推辞不接受，称之为高士。时人觉得很可笑，戏称这种隐士为“充隐”。
桓玄性贪鄙，喜爱奇珍异宝，终日珠玉不离手。别人有好字画及佳园美宅，都千方百计地据为己有。不好意思当面抢夺，就以赌博为手段，变着法儿夺取。甚至不惜派遣臣僚四出，到处掘果移竹，连数千里外的佳果美竹都被挖得干干净净。又喜欢阿谀奉承，厌恶臣下进直言。法令无常，随心所欲，一会儿想废钱币而用谷帛，一会儿又想恢复肉刑，结果事事无成，至使朝野失望，人不安业。
正当桓玄得意之际，一连串的打击接踵而至。其兄荆州刺史桓伟突然病死，桓伟最受桓玄信赖，被视为左膀右臂，桓伟一死，桓玄顿感孤危。不久，殷仲堪的余党、新野人庾仄合众七千，起兵襄阳，赶走了守将冯该；南蛮校尉庾彬等人谋为内应，江陵震动。桓玄之侄桓亮也以讨伐庾仄为名，乘乱起兵罗县，自称平南将军、湘州刺史。这两次事件虽很快被平定下去，但却给桓玄以巨大的精神压力。与此同时，北府兵的中级将领刘裕、何无忌等人又正在酝酿起兵，无疑给桓氏政权造成了最严重的威胁。形势在逆转，如不赶快禅代，皇帝梦难免成为泡影，桓玄急不可待。但北府兵的将士们是否答应？桓玄不放心。堂兄桓谦秉承桓玄旨意赶赴彭城，试探地问刘裕“楚王功高2《弘明集》卷2《桓玄辅政欲沙汰众僧与僚属教》。
3《弘明集》卷2《桓玄辅政欲沙汰众僧与僚属教》。
德重，朝廷的意思是想禅让，你们以为如何？”刘裕诡谲地回答，“楚王，宣武之子，勋德盖世，晋王室衰微，早失民望，趁机禅代，有什么不可以！”桓谦乐滋滋地说“你说可以就可以了。”桓玄得到报告，便放心地称起皇帝来。
元兴二年（403）十二月三日，桓玄即皇帝位于姑孰，改年号为永始。迁晋安帝于寻阳，封为平固王；追尊其父桓温为宣武皇帝，庙号太祖；立其妻刘氏为皇后，大封桓氏兄弟子侄为王，文武加官进爵。随后迁居建康宫，修缮宫室，大兴土木，催促严急，上下疲于奔命，朝野不得安宁。为显示皇帝的尊严，特命工匠制作一辆特号大车，车内可坐三十人，用二百人推着走；为炫耀自己的聪明，百官奏事或一字写得不合体，或语句有些毛病，都要挑出来指摘一番，甚至贬官降职。事必亲躬，或亲自安排值日官，或自选令史一类的小官，诏令一道接一道，主管官员应接不暇。而朝纲大事不抓，法度不立，奏案堆积如山。性喜游猎，常常夜以继日，性情又急躁，呼召严厉，刻不容缓，宫禁内一片喧哗，不成体统。百姓疲累，朝野劳瘁，怨怒思乱者十室有八九。
短命而亡次年二月，刘裕经过周密部署后，联络北府兵将领刘毅、何无忌、刘昶、刘道规、诸葛长民等人正式起兵。首先占领京口，斩徐州刺史桓脩；进攻广陵，杀青州刺史桓弘，随后率兵直扑建康，沿途又杀死前来抵抗的著名猛将吴甫之、皇甫敷。桓玄得知二将被杀，吓得魂不附体，急忙召来一些方士对刘裕等人施行巫术。并问众臣僚“朕会失败吗？”曹靖之回答说“神怒人怨，臣实在害怕。”桓玄又急又气，命桓谦、卞范之率兵二万出城御敌。刘裕率众奋击，桓谦诸军顷刻溃散。桓玄闻报，匆匆携带儿子桓昇、侄子桓濬，在几千亲信的护卫下，从南掖门仓惶出逃。路遇参军胡藩，胡藩劝他组织抵抗，桓玄一言不发，只顾用马鞭指天，意思是说“天亡我也！”然后策马疾驰，直奔石头城，乘船浮江西去。沿途忍饥挨饿，有时整天吃不上一顿饭，左右弄来一些粗粮，咽不下去，几岁的小儿子桓昇在他胸前背后使劲按摩，桓玄悲不自胜。
桓玄一行逃到寻阳，江州刺史郭昶之提供器用、兵马，这才松了一口气。于是挟安帝继续西逃，途中自己作起居注，叙述如何抵御刘裕事，自吹算无遗策，只因诸将违背节度，以致造成败局，并非用兵的过错云云。桓玄只顾覃思著述，却把御敌大事抛到了九霄之外。起居注写成后，派人宣示远近。四月，桓玄一行逃到江陵，荆州刺史桓石康迎入帐内。喘息未定，即忙着派人在城南搭造帐篷作为临时宫室，重新署置百官，以卞范之为尚书仆射。又大兴刑罚，借以在大败之余重树个人威权，震慑百官将士。大臣殷仲文力谏，桓玄怒气冲冲地说“汉高祖、魏武帝用兵多次战败，那只是诸将的过失。现今天文对我不利，所以把都城迁回荆楚。而小人愚昧，妄生是非，乱发议论，正应该凶猛一点，哪能施行宽政？”荆州各郡的郡太守们得知桓玄流亡，有人赶紧献媚取宠，派人上表敬问起居，桓玄一概不接受，命令重新上表，庆贺迁徙新都。荆楚毕竟是桓玄的老巢，不出一月，桓玄收集兵众二万和大批的楼船、器械，又开始得意起来，自负地对左右说“你们都是从清显的仕途上跟随我的，京都那帮窃权盗位的人将要谢罪军门，到时看着你们凯旋进入石头城，这与神仙相比，又有什么不同！”就在桓玄得意时，刘裕派遣刘毅、何无忌、刘道规率兵追至湓口，桑落洲一战，大败江州刺史郭昶之、游击将军何澹之、江夏太守桓道恭等人，进军寻阳。寻阳上控荆楚，下制建康，是长江中游的战略要地，势在必争。五月，桓玄自江陵急率舟师东下，双方大战于武昌附近的峥嵘州。恒玄所率将士数万，对方不满万人，但却担心吃败仗，常常在座舰旁边停着几艘快船，以备败走，全军毫无斗志。刘毅紧紧抓住战机，乘风纵火，率军奋勇出击，大获全胜。桓玄命人烧毁辎重，连夜狼狈逃去。
桓玄再次逃回江陵城，众人见大势已去，人心惶惶，虽令不行，城内一片混乱。桓玄走投无路，打算逃往汉中投奔梁州刺史桓希。一天深夜，收拾停当，遂率亲近心腹数百人骑马出城西走，刚刚到达城门，左右于黑暗中挥刀向桓玄砍去，没有砍中，秩序顿时大乱，左右心腹互相砍杀，死尸交横于路。桓玄心惊胆颤，勉强逃到船上。恰在这时，益州刺史毛璩派从孙毛祐之。参军费恬率领二百人护送弟弟毛璠的灵柩来江陵安葬，毛璩之侄毛脩之时为桓玄屯骑校尉，趁机骗诱桓玄入蜀，桓玄无计可施，只好同意。船行至江陵城西的枚回洲，毛祐之、费恬突然向桓玄开弓放箭，矢如雨下，幸臣丁仙期、万盖等人急忙用身子挡住，都被射死，桓玄受了轻伤。益州都护冯迁随着抽刀砍来，桓玄从头上拔下一枚玉导送给他，心惊肉跳地质问“你是什么人？敢杀天子！”冯迁回答说“我杀天子的贼罢了！”说完，手起刀落，人头坠地。同时被杀的还有桓石康、桓脩等人，桓昇被执，斩于江陵城。
桓玄篡晋，是东晋门阀政治的尾声。这个短命政权终于被刘裕推翻。桓玄从称帝到兵败出逃，共经八十天；从称帝到被杀，前后不到半年，死时年三十六。桓玄死后，堂兄桓谦、桓石绥等人仍坚持抗争达五、六年之久，直至晋安帝义熙六年（40）才宣告全部失败，桓氏家族彻底覆灭。
第二节孙恩、卢循孙恩（？—402）字灵秀，琅琊人。卢循（？—4）字于光，小名元龙，范阳涿人（今河北涿县）。
孙恩起兵于海岛孙恩早年事迹史无明载，父祖官爵、姓名亦阙如，但知其出自孙秀之族。孙秀出身寒微，因倖幸而见宠于西晋赵王伦，在赵王伦辅政篡权时出谋划策，助纣为虐，封以大郡，官至侍中、中书监、骠骑将军、仪同三司，专执朝权。后与赵王伦俱被诛。秀死而族衰，子孙从此仕宦无途，大约在两晋之际由琅琊移居三吴，世奉五斗米道，社会地位不高。
卢循是西晋司空从事中郎卢湛之曾孙。卢湛虽是“名家子，早有声誉，才高行洁。为一时所推”，但却因中原丧乱而“沦陷非所”，“显于石氏”，在石赵官至侍中、中书监，于石赵末年被冉闵所杀。所以，至早在公元350年，卢循的父祖才投奔东晋，属于晚渡江者。卢湛仕赵及子孙晚渡，使在西晋时曾是高门甲族的范阳卢氏在东晋沦为“婚宦失类”者，故卢循及其父祖三世无官爵，卢循也不得不娶孙恩妹为妻，与地位较低的琅琊孙氏结成姻亲。在婚宦等级界限严明的情况下，孙卢两族的婚宦状况表明他们均属于低等士族。
东晋一朝，门阀世族垄断各级政权，低等士族往往因此仕宦受阻。卢循为人聪敏，“双眸冏彻，瞳子四转，善草隶弈棋之艺”，具有典型的士人气质，却因家族位遇不高而身无一官半职。他对此心怀不满。时有“鉴裁”的沙门慧远见而谓之曰“君虽体涉风素，而志存不轨。”
孙恩家族状况比卢循稍好一些。琅琊孙氏世奉五斗米道。孝武帝时，孙恩权父孙泰，拜有秘术的钱塘富人杜子恭为师。子恭死，孙泰传其术。他利用五斗米道在浙东广为流传的条件，积极扩大家族力量。孙泰“浮狡有小才，诳诱百姓，愚者敬之如神，皆竭财产，进子女，以祈福庆。”同时交结太子少傅王雅。他的所作所为引起某些门阀世族的不安。王导子王恂进言于当权的会稽王司马道子，将孙泰流放到广州。孙泰在广州仍传道惑众，“南越亦归之”。后孙泰赖于王雅之助，被孝武帝召回，任为辅国将军，新安太守。他因“知养性之方”而颇得一些信奉五斗米道的门阀世族的赏识。王雅与其“交厚”，“会稽世子元显亦数诣泰求其秘术”，黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑咨议周勰等皆敬事之。孙泰通过传道，形成了以琅琊孙氏为核心的，上有某些统治阶级头面人物为靠山，下有敬之如神的“百姓”为基础的地方势力。
隆安二年（398），王恭起兵叛乱。孙泰在三吴召集义兵数千人以讨恭。
在天下兵起，门阀世族之间矛盾激化的形势下，孙泰认为“晋祚将终”，低等士族出头之日已到，“遂扇动百姓，私集徒众，三吴士庶多从之”。以孙泰为代表的三吴地区低等士族的政治动向，引起门阀世族的极大恐慌，“于时朝士皆惧泰为乱”。为维护门阀世族的根本利益，朝廷诱斩了孙泰和他的六个儿子。孙恩幸免于难，逃入海岛。
本节材料主要依据《晋书·孙恩传》及《卢循传》，下引两传者，不另注。由于孙泰聚兵图谋反晋仍属于低等士族反对当权的门阀世族的统治阶级内争，他的被杀并未在东土引起太大的动乱。当时一些五斗米道的信徒不信孙泰真的死了，认为他是“蝉脱登仙”，所以纷纷到海岛投奔孙恩，并给孙恩馈赠资财。尽管如此。孙恩也不过在岛上聚集了百余名坚决拥戴自己的五斗米道信徒，只好等待时机，以便举兵反晋，为叔父孙泰报仇。卢循此时可能也在海岛，《晋书·卢循传》称及“恩作乱，与循通谋”。卢循是孙恩的主要谋士。
三吴地区阶级矛盾和统治阶级内部矛盾的总爆发，为孙恩的崛起创造了有利条件。
自东晋初以来，经百余年的开发，三吴地区成为江南的重要政治中心。