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军机处折子，对疫情提出七点建议：病死者遗体火化；感染者封闭治疗；接触者隔离观察；普通人定期消毒；医护者做好防护；实验室分析病毒；衙门等查杀根源。
很显然，军机处对孙元起的奏折不屑一顾，认为只是生之论，朱批“知道了”之后再无下文。还能怎么办，总不能自己孤身一人去东北救灾？纵使孙元起有千般妙计，此时也只能化作一声长叹。
对于东北的疫情，清政府的措施就是饬令各地地方官严格做好防疫工作。至于究竟怎么做，自己琢磨去！但疫情却越来越严重，死的人也越来越多。到12月初，外务部收到俄、日两国的照会，它们以清政府无力控制疫情为名，分别要求独立主持东三省的防疫事宜。
不说俄国、日本这个要求的内容究竟是善意还是恶意，光是要求本身，就已经戳到了清政府的g点。清政府就像受了惊的猫咪，立马浑身的毛都炸开了：谁说我们无力控制疫情？谁说我们需要外国帮忙？
受此一激，清政府对于东北的防疫事务明显心许多。按照以往惯例，办理这种事务朝廷都会派出钦差大臣专门统筹负责。一般来说，钦差大臣都是肥差，就是复查案件、视察河工，也能捞到不少油水，许多人都趋之如骛。如今听说是防疫的钦差大臣，却都有些畏缩不前了：水火无情，疠疫更无情！水火到跟前，还有侍卫挡着，疠疫怎么挡？钱财虽好，可也得有命享受才行。
军机处考虑半天，也没想到合适的人选。正纠结时，那桐忽然说道：“之前貌似有人过奏折，还提出对防疫的几点意见。既然很有想法，那钦差大臣就他！”
其他几个人纷纷点头赞成：“好帖！”“顶！”“支持！”
很快，军机章京和笔帖式们就在旧档中翻出了孙元起一个月前的奏折，于是就有了这样的圣旨：“学部左侍郎孙元起，著授为钦差大臣，办理关内外防疫等事务。凡有疫情诸省抚道以下，均归节制。该员需迅速认真经理，毋任传染。俾得早日消除，以卫民生。钦此！”
孙元起得到圣旨之后非常惊讶，但没想到过推辞。自己既然有能力又有机会降低感染捋，减少死亡人数，为什么不去做呢？反倒是他周围的人，从薇拉、莉莉丝到老赵夫妇，从老大人府的叔伯兄弟到张元济、罗振玉，前后十来拨来劝谏孙元起婉拒这个差事。向来好说话的孙元起，这次却想王八吃秤砣——铁了心，非要拦下这个脏活累活。
杨度对孙元起的态度却大加赞赏：“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之？百熙此番独持偏见，一意孤行，不愧为大丈夫！”
孙元起惊疑不定地看着杨度：“皙子，你这是夸我还是骂我呢？”
杨度洋洋得意：“自然是夸你。百熙做事，向来是不温不火。时间久了，难免会被人视为平庸。如今你站出来力挽狂澜，让世人知道你除了学究天人外，在处理政务也同样卓尔不凡，岂不是更好？‘寻常看不见，偶尔露峥嵘’，这才是大丈夫的本色。
“再说了，富贵险中求。此次你能想到担任钦差大臣，确实是招妙棋。在学部熬着，什么时候能熬到尚？又什么时候才能捞到外放的机会？此番出京只要表现出色，回来肯定升为正二品，以后升迁尚、督抚的机会就大多了！”
孙元起心里哀叹道：大哥，你又想岔了，这活儿可不是我主动招揽的！
孙元起也不是莽撞之辈，接到圣旨后，便把防疫分成事前、事中、事后三个环节，仔细琢磨其中的要害，需要向朝廷提什么条件。
等考虑成熟，孙元起把幕僚们找来，口述大意，请他们否有违碍之处：“既然我们摊了这档子事儿，就要做好万全准备，不打无把握之战。主要措施还是按照一封折子来，关键部分还需要朝廷出面。首先是政策支持，比如对所有可能的感染者，不分男女老幼、贫富贵贱，都要封闭隔离；对于病死者，一律采用深埋或焚烧，鉴于现在东北天寒地冻，挖坑不易，建议以焚烧为主；如果可能，还希望朝廷允许科研人员解剖几具尸体，以便尽早研制抗病药物。”
话音刚落，刘师培便插话道：“将可能的感染者隔离，合情合理，应该没问题；但焚烧、解剖遗体，朝廷不会同意的。我国历来讲究死者为大，入土为安，如此残毁先人遗体，不仅死者家属难以接受，《大清律》也严厉禁止。
“律法明文规定，即便是家属遵从尊长遗言，将尸体烧化，也要杖一百；若是他人残毁尚未殡葬的尸体，需要杖一百，流放三千里；如果家属已经将遗体草草掩埋，再挖出来焚烧，最低也是绞监候！”
新中国成立以前，人们对于祖先遗体的保护意识可谓深入骨髓。挖人祖坟，绝对是比杀父、夺妻还深的仇恨。这也经世大学为什么没有成立西医系的根本原因之一。
对此孙元起也无可奈何：“遗体不深埋、不焚烧，本身就是个巨大的病毒传染源。我们不加以处理，即便其他工作做得再好，也是徒劳无功。如果不解剖遗体，又如何尽快研究出药物来治病呢？”