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了解学堂的基本情况之后，孙元起便命令在原有的农桑、畜牧、森林三科之外，单独成立了育种专业。并贯彻“任务带学科”的指导方针，把目标圈定为各种作物的杂交改良，其中最重要是杂交水稻。
孙元起是农学的n外汉，甚至从来没摸过锄头，如今提出“杂交水稻”而不是“杂交小麦”，却在无意中找对了正确方向，避免走许多弯路。
如果要问他为什么圈定“杂交水稻”？孙元起的原因很单纯：日常听说最多的就是杂交水稻，杂交小麦听着总觉得有些别扭。再说，水稻产量也高啊
事实，小麦、水稻的杂交是非常困难的，因为它们都是自花授粉植物，雌雄蕊着生在同一朵颖花里，由于颖花很小，而且每朵花只结一粒种子，因此很难用人工去雄杂交的方法，来生产大量的第一代杂变种子。打个比方说，就是每粒稻子都定了娃娃亲，一男一女住在小屋子里，不需要任何人帮忙，自己就可以怀孕结子。如果要实现杂交，就应该在他们接触之前，把每个小屋里的男子都给阉割了，另外找别人帮忙。这可是个细致活，一株稻穗就有两三百朵稻花，每个都要手工拆开外壳，切除雄蕊。基本做完手术，这株稻穗也废了。
所以，最好方法是找到小房子里只有女子、没有男子的，这样人类才能ā手它们的生育问题。这种只有雌蕊、没有雄蕊的先天畸形植株，科学称为“雄xng不育系”。寻找合适的“雄xng不育系”，这个过程很艰辛，经常是十亩地里也没有一株。相对于水稻，小麦的“雄xng不育系”就更不易寻找。
当然，找到了野生的雄xng不育株，杂交效果也不一定很好。从水稻开始杂交，到杂交水稻产业化，中间还有一段漫长的路。
这些东西，孙元起最初并不知道，以为懂得了先进科学理念，实作中只要花费时间便可。等下达任务之后，才逐渐明白其中困难重重。姑且不说研究的困难，单单每次水稻从播种到收获，至少就得六个月这项研究没有十多二十年的功夫，根本不可能出结果。好在守着学校，年年都有学生，倒不用特别担心科研持续xng的问题。
孙元起刚来湖北不到半年时间，先是规范中小学课本，废除了湖北自己编印的教材；接着合并武昌的各种师范学堂，开除日本教习；现在又成立法政学堂，对工艺学堂、农业学堂进行改组。从教材到教师，从学生到学堂，新官任后的三把火烧得又急又猛，几乎对湖北教育界进行了一次彻底的大清洗。
尽管还想对全省中局进行调整、对自强学堂今武汉大学前身进行改造，顾及张之dng、梁鼎芬的感受，加今年资金也不充裕，农业学堂的任务布置下去之后，在杨度建议下，孙元起决定暂时收手，等明年夏张之dng离开湖北再做打算。
既然不能在国内捣，孙元起把精力转向国外。
自从1904年平安夜英国实验室观测到正电子的踪迹后，世界的很多科学家都把目光瞄准了反物质，观测宇宙线迅速成为近两年科学界最重要的研究项目。科学家利用各种仪器对宇宙线进行探索，在数百个日日夜夜过去之后，在宇宙线各种效应和起源问题取得了一些成果，然而孙元起所称的“反物质”却丝毫没有发现踪迹。不过，正电子的存在却得到了更多的证明，使得大家对于反物质更加憧憬，连带着以前被人嗤笑的质能方程也水涨船高，开始有人撰文讨论。
有赞成者，自然就有反对者。许多正统的科学家看到学界走入歧途，热炒子虚乌有的“反物质”，不免正义之心大作，在各种场合批判反物质，认为那是孙元起的无稽之谈。
现在的孙元起，已经孤军奋战的无名小卒，在学界具有举足轻重的影响力，拥有无数忠实粉丝。听到有人批判大神，拥趸者开始猛烈还击。正统科学家也不会坐以待毙、唾面自干，却无法否认正电子的存在，毕竟这是无数实验室观测到的结果。一来二去，对于反物质的探讨开始深入，论争的战线也逐渐拉长，甚至涉及到原子核反应中会不会导致质量转化为能量。
孙元起觉得这些科学家太有闲心了，必须再爆些猛料，来转移他们多余的注意力。于是之前炮制好的论文《大爆炸宇宙理论》派了大用场。
果然，刊登在1906年冬季《经世大学学报》的这篇论文，就像是陈老师的摄影作品，瞬间吸引了学界的注意力。