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联合起来共同抵制沙俄无理要求。会后，并起草《京师大学堂师范、仕学两馆学生管学大臣请代奏拒俄》，呈递给管学大臣张百熙，以及奉旨会办京师大学堂事宜的张之洞。
几乎所有的学校，面对学生运动，采取的措施都和孙元起一样：劝阻。京师大学堂也不例外。
在京师大学堂学生召开拒俄大会的当晚，校方就贴出告示，严禁学生举行爱国集会，声称“此事非学生分内之事”。不久，原清流派领袖，现年岁的张之洞也亲自到大学堂，一边劝慰，一边告诫学生：“学堂以外之事，不可以作！”
尽管如此，京师大学堂还是有部分学生退学，赴东北进行武装抗俄斗争，比较著名的有：丁开嶂创立的“抗俄铁血会”，朱锡麟组织的“东亚义勇队”，张榕发起的“关东独立自卫军”。
学生们跟着来到了校长室，孙元起的亢奋还没有消退，看着挤满大半间屋子的学生，高声说道：“你们能有这么多人跟着我来，我非常高兴！不过我们即将开始的，是一个历史性的工程，浩大而持久，我们这点人是远远不够的。但是，我们是盗火的普罗米修斯。由我们盗来的火种，将在后来者的手里变成燎原之火，造福万代！”
说到这里，孙元起压低声音，低沉的声音中带有一丝蛊惑的味道：“我以前，一直跟你们说，科学技术是第一生产力。其实，我只说了前半句，没告诉你们后半句。今天，我就悄悄地告诉你们后半句，你们不要说告诉别人。‘科学技术是第一生产力’的后半句就是：科学技术也是第一毁灭力！而我们现在要做的，就是要打开‘科学技术’这个潘多拉魔盒，释放出‘毁灭力’那只魔鬼。让那只魔鬼，来对付侵略我们的帝国主义列强！”
学生们闻言都是一怔。
孙元起感觉自己的阴谋得逞了，嘴角微微扬：“如果世界真有潘多拉魔盒的话，那么我就是少数几个知道他威力，并且知道他真实面目的人！而你们，现在还没有能力知道。所以，你们现在要做的，就是好好学习。此外还有——”
说着，孙元起转过身，从架找到刊登自己论文的各期杂志，从收录《铀、钋、镭辐射射线的实验研究》的那一期iene》，直到最近一期刊登自己《一种回旋粒子加速器的构想》论文的《私立经世大学学报》样刊，随手交给自己身旁的潘咸：
“此外还有的就是，你们回去之后，把这些杂志中所有我写的论文抄下来，好好读，认真看。等你们毕业的时候，如果还有兴趣、还有热情，我再跟你们透露潘多拉魔盒的部分细节！”
等学生们走后，孙元起一个人坐在长椅，望着天花板，那种感觉，好像是历史画卷在自己的手中开始出现一个细小的波动。这个波动，最终变成宏阔的波澜。神情恍惚间，不由想起《指环王》中的那句经典台词：
，itbegin！
本来，孙元起打算和去年一样，四月中下旬启程到美国，九月初开学时能赶回来。因为此事耽搁，竟然不能成行：被鼓动起来的学生，好比一座活火山，随时都有爆发的可能。自己这个校长，只有坐在火山口用心疏导，希冀火山渐次平复，不致惹出祸端。
到了六月初，学校开始下一学年的招生，学生也准备期末考试，暑假近在眼前，再无心思他顾，孙元起一直悬着的心才稍稍放下。出发之前，犹自不放心，只好以游学为名，将韩蘧、陈骥德、潘咸、刘斌等几个不安分的学生带在身旁。
听说可以公费出国，这几名好动分子哪有不愿意的？早就乐得找不着北了。孙元起怕他们把出去的三四个月，当做旅游度假，少不得又给他们圈定一些考察课题。
就这样，一行人于六月中旬踏旅程。本来薇拉也准备一起走，好让念祖见见远在异国的外祖父母。众人齐声劝道：“海颠簸，路途艰辛，便是大人也吃不消，何况还在襁褓中的孩子？”薇拉闻听此言，方才打消念头。
轮船在海航行三天后，循例要到横滨加水加煤。若是以前，孙元起倒可以在船休息，或者去码头走走。然而次承梁启超的人情，今日到此，自然应该带礼物前去答谢。
孙元起叫略懂日语的刘斌，出了码头，坐黄包车，直奔《新民丛报》社。
山下町152番的《新民丛报》社，在巷子里头。刘斌前按响门铃，良久才有一人出来开门。刘斌一句“梁君在么？”还没说完，那人见是生面孔，便急忙掩门，口中连称：“不在！不在！”
孙元起觉得此人面熟得紧，连忙唤道：“且慢！我是孙元起，你是、你是马君武？”
那人才住手，仔细打量孙元起几眼，才一拍腿：“啊呀，果然是孙先生，马某真是有眼不识泰山！快、快、快，屋里请！”孙元起师生二人这才得以进屋。
马君武关门，跟在后面解释道：“孙先生，刚才倒不是诳你，任公确实不在。他于本年三四月间，已经去了美利坚。”
刘斌说道：“不打紧，不打紧，我们也要去美国呢。在这里失之交臂，没准在大洋彼岸还能遇！”
“那最好！”马君武点点头，把客人让进客厅，“自从报馆成立以来，朝廷探子隔三岔五来捣乱。所以我们见了生面孔，素来是不接待的。刚才无礼，倒不是针对孙先生您的，还请恕罪则个！”
“君武客气了！”孙元起丝毫不以为忤，“你们也是情非得已嘛！”
马君武进屋沏茶。师生二人在客厅欣赏壁的和式绘画，就听隔壁有人厉声说道：“什么鸟爱国主义不爱国主义的！人家的国家，不让咱们去爱，咱们凭什么拿热脸去贴他的冷屁股！依我看，不如推翻满清统治，实行民族主义！”
刘斌最是泼猴脾气，素爱玩闹，便起了戏弄之心。对孙元起大声说道：“我说朝廷探子怎么老来，原来这里果然窝藏着革命党！回去之后，定要报衙门，捉拿反贼！”
隔壁先是寂静如死，然后一阵鸡飞狗跳，数十人齐声喊道“不要走了奸细”，呼啦啦抢了出来，顿时将师生二人牢牢围住。