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上的行政地区设立法院和警察局，行使司法权。
国家行政单位的公务人员一律由国家组织考试，择优录取。
国家的国旗和国歌因为老百姓都熟悉了，仍沿用第一共和国的五色旗，代表五族共和，国歌仍然选用张謇写的那首词：
巍巍昆仑，凝视华夏大地
滔滔江河，孕育古老文明
黎民当家作主，帝王离我们而去
维有孔孟遗训，吾等要紧紧牢记
尧舜时代。先人告诫
民有五族，不能分离
天下为公，重民轻君
矫枉过正，发展农工
文教兴旺。民气大和
国泰民安，江河有光
修订的宪法规定，改革军队、促进商业贸易、实行全民教育，是中国国家发展的三个百年大计，全国制定新民法和刑法。
宪法还规定，全国合法的主要政党有复兴党、商人党、工人党、乡绅党、农民党。妇女党，其中复兴党是执政党，其他五个党派为参政党，每年三月举行一次政治协商会议，各党派参政议政。妇女党是容蓉成立的，目的是为了争取妇女权利和男女平等，秋瑾、唐群英、葛健豪等人后来都成了妇女党的骨干成员。
尽管这部共和国的新宪法虽然还有诸多缺陷，但毕竟是比较适合中国国情的宪法，比以前的封建法律要高级得多，在九月的建国大会上。经过充分协商，新宪法获得通过，宋骁飞正式当选为第二共和国的总统，在850名参众议员中，759人参加投票，宋骁飞获得607票。超过三分之二，宋骁飞将选举结果迅速照会驻华外交代表机构，获得英国、美国、德国、巴西、法国等二十国的认可。
另外，容闳当选参议院院长，刘坤一和张之洞当选副总统，王文韶当选众议院院长，到北京就职。湖北和湖南两省，由张之洞的儿子张权当省主席，湖北新军予以保留；江苏、安徽和江西三省由刘坤一的儿子刘能纪管理；贵州、新疆由王文韶的儿子王庆桢当两省主席，这七个省为自治省。新疆、蒙古、**为自治区，这是各地上交军权和货币权的交换条件。中央政府成立中央军委和中央银行，收回了各地的军权和货币的发行权。
宋骁飞当选总统后，任命段祺瑞为陆军总长，刘步蟾为海军总长。提名盛宣怀为内阁总理，他组织了“人才内阁”：
财政总长：席家栋
内务总长：阮忠枢
司法总长：梁启超
交通总长：詹天佑
教育总长：严复
农工总长：张謇
海关总长：赫德
外交总长：伍廷芳
警察总长：赵秉钧
宋骁飞认为此内阁的人都不错，予以比准，提交国会批准，并任命李经方为总统府秘书长。
宋骁飞总统还任命了各省的省长，为了更好控制各省，节约政府资金，先期实行的是军政府，一人往往兼着两三个省的省长，称为主席，搞军政合一，比如徐世昌为东北三省的主席，负责军政；段祺瑞为陆军总长兼直隶、山东省主席；冯国璋为陕西、山西省主席，曹锟为甘肃、青海省主席，黎元洪为四川省省长，张勋为云南省省长，王士珍为广东和广西省主席，刘铭传为台湾省、福建省主席等。
为了表示第二共和国的革新意志，庆祝第二共和国的成立，宋骁飞下令，废除满清遗留的各种酷刑，全国大赦，除了犯杀头重罪的囚犯，其他一律释放回乡；在农历新年到来之前，全体国民必须剪掉辫子；恢复汉服，国家免费给每个国民发放一套。
为了给国民做表率，宋骁飞决定在十月的宣誓就职典礼前，就把辫子减掉。这条“独家新闻”，经由《强国报》披露，《纽约时报》、《泰晤士报》等重量级的海外媒体纷纷转载，一时成为要闻趣闻，政府的留洋人士和公务人员最新响应号召，于是大部分城里人都排队剪辫子，理发师开始忙碌起来，从早到晚，从十月忙到年底。只有张勋所管辖的云南省效果不佳。
在容蓉的努力下，国会还通过了一项法案，禁止妇女裹足。因为这是不人道的，裹足一般在女孩子三四岁就开始了，传统守旧的父母会用厚厚的裹脚布将她们的双足裹住，大脚趾被压迫，其余四个脚趾则被强制弯曲到脚底，走路吃力，很容易照成小腿肌肉萎缩，造成的残疾无法补救。
万事俱备，建国大业基本完成，1895年10月1日，宋骁飞正式宣誓就任大总统！